脉动真空灭菌器具有真空度高、物品不易氧化、压力高温度高灭菌时间短、灭菌物品合格率高等优点。
1 真空度好
下排汽灭菌器内室的空气是靠蒸汽源的压力来排除，排汽量和排汽时间人为控制，排汽不彻底。由于内室的排汽压力只能达到0mpa，标志锅内和锅外的气压相等，内室空气不能彻底排出，有空气团存在，所以直接影响了蒸汽灭菌效果。
脉动真空灭菌器，内室的空气是通过水环式真空泵三次脉动强行抽走，内室空气团存在程度分析如下：真空泵通过对内室进行抽真空4分钟，内室真空度可达到-0.086mpa，在次真空度下，内室抽出空气为98%，剩余2%抽二次时，得到的效果为：（2%～2%×98%）× 98%=0.0392%。内室处于真空状态，以敷料类灭菌程序为例说明描述真空状态及整个灭菌过程。
蒸汽灭菌成功与否，与灭菌器中冷空气的排除程度关系密切，空气的存在对蒸气灭菌不利主要有：①降低了蒸气的分压，达不到所示压力的相关温度。②阻凝微生物周围湿度增加，使蛋白质变性时间延长。③空气冷凝时体积缩小，远不如蒸气，由于它产生的局部负压低，不利于热穿透。综上所述，对两种灭菌器进行对比得出脉动真空灭菌器，真空度好，内室无空气死角，利于蒸气穿透物品。
2灭菌物品不易氧化
内室如果有空气的存在,被灭菌物品在高温高压下被氧化不耐用。
下排汽灭菌内室空气靠蒸汽进入进行重力置换，内室有空气团存在，因此在临床上出现上述物品、器械被氧化的表现。
脉动真空灭菌器内室空气经真空泵强行抽走，上述计算公式分析结果表明，内室处于真空状态，没有空气团存在。物品，器械不会出现上述被氧化现象。